On ne sait presque rien de l’abbaye de Malonne au Moyen Age, sinon que son église abbatiale était romano-gothique. Au XVIème siècle, pour les occupants, ces vieux bâtiments étaient hélas démodés. On ne sait d’ailleurs pas dans quel état ils se trouvaient. (Par analogie, on peut dire que ceux de l’abbaye de Gembloux étaient au bord de la ruine). À partir du milieu du XVIème siècle, l’abbaye sera petit à petit démolie et rebâtie de fond en comble. Laurent Cornélis (1523-1529 ?) remplaça toutes les anciennes constructions sauf l’église. En subsistent seules deux fenêtres à meneaux, situées au-dessus et à droite du « tunnel » menant de la cour d’honneur aux écoles normales, côté «cuisines».
En 1600-1601, Dieudonné Sclussman renouvelle la Châsse de saint Berthuin, commande un buste et une croix processionnelle à Henri Libert. Le buste a disparu à la révolution française. Un siècle après, Pierre Hinslin (1624-1640) fit construire des bâtiments nouveaux et entourer les jardins de murs. Au-dessus du porche de l’autre «tunnel», côté cour Saint-Berthuin, il reste un chronogramme de lui (1636). 
En 1651-1653, Jean Stapleaux (1649-1673) démolit la nef de l’église pour la remplacer par le clocher et la nef actuels.
Jean-François Bidart (1709-1731) achèvera le travail en construisant le chœur actuel (1722).
La rénovation se poursuit: Henri-Hubert Farsy (1731-1752) érige l’aile qui fait face à l’entrée de la cour d’honneur (parallèle au flanc de la vallée).
C’est Michel-Guillaume Bonvoisin (1752-1780) qui, cédant à la mode de cette époque *, apportera le plus de renouvellement: cloître, aile gauche de la cour d’honneur (côté perron) et ses salons, aile droite de la même cour. La porte d’entrée de l’abbaye, se trouvait à l’emplacement de la chapelle actuelle. Elle sera démolie en 1853 pour faire place à celle-ci. Quant à la façade actuelle de cette chapelle, elle ne date que de la fin du XIXème siècle (1888).
*Au XVIIIème siècle, de nombreuses abbayes en Belgique renouvelèrent ou agrandirent leurs bâtiments. Citons par exemple Orval, Floreffe, Aulne, Villers-le-Ville… C’est un Malonnois, Jacques Legrain, abbé - comte de Gembloux qui reconstruisit entièrement son abbaye. Comme les abbés d’Orval ou de Floreffe, il fit appel à l’architecte Laurent-Benoît Dewez (1731-1812), ce qui n’est pas le cas pour Malonne, dont les différents architectes sont inconnus.
Lire aussi
Victor BARBIER, Histoire de l’abbaye de Malonne, Impr. Douxfils – Devaux, Namur 1984.
